Las Universidades y Centros de Investigación participan en Corporación Tecnológica de Andalucía a través de sus grupos de investigación. El modelo de innovación que defiende y promueve CTA se basa precisamente en la cooperación Universidad-Empresa como garante de la transferencia de tecnología y fórmula de aprovechamiento del conocimiento generado en el ámbito científico. Para ello, como se indica en el capítulo 10 de esta Memoria, exige a los proyectos empresariales que solicitan su financiación la participación de uno o más grupos de investigación públicos mediante la subcontratación de entre un 10% y un 15% del presupuesto del proyecto. Además, la Corporación asesora a sus empresas miembros para identificar los que más se adecúan a sus necesidades concretas.
El Plan de Innovación y Modernización de Andalucía (PIMA) recoge la figura de Corporación Tecnológica de Andalucía como un marco destacado de encuentro, colaboración estable y acción coordinada en Andalucía entre grupos de investigación, empresas innovadoras, entidades financieras y Administración. El objetivo es facilitar la casación de oferta y demanda de conocimiento entre el ámbito científico y el empresarial, optimizar el apoyo financiero e institucional y promover proyectos de I+D+i aplicada que culminen en productos y servicios de alto valor añadido y rentabilidad.